Hilang Yang Kembali bermula dengan seorang wanita bernama Fara, yang berlari masuk ke dalam sebuah balai polis untuk melaporkan tentang dia dikejar oleh seseorang. Flashback-kisah tentang Fara dan suaminya Razif di Bali, dimana mereka kehilangan anak mereka, Danial (9 tahun). Sepuluh tahun berlalu, kejadian itu membuatkan Fara dan Razif sering bergaduh sehingga membawa kepada proses pencerian. Dua hari sebelum ke mahkamah, Fara dikunjungi oleh seorang pemuda yang memberitahunya dia adalah anaknya yang hilang dahulu. Fara menerima Danial semula namun Razif masih berbelah bahagi. Misteri mula memenuhi ruang rumah mereka, berbagai kejadian aneh mula berlaku.
